WordPressサイト運営の注意点として、運用にあたり「投稿」などの操作は、サイト運営上においても比較的安全ですが、WordPressプラグインの設定やプラグイン同士の競合、テーマファイルの操作によって、WordPressで構築したホームページが機能しなくなる危険性があります。WordPress本体やテーマ、プラグインの更新によって互換性エラーが生じたり、更新途中のエラーによってWordPressが機能しなくなるケースもあります。
WordPressでのホームページ（ウェブサイト）運営をスムースにするためには、できるだけプラグインを使用せず、テーマファイル（テンプレートファイル）の操作で、様々な機能を実装するに越したことはありません。
また、WordPressで構築されたサイトではプラグインやテーマの脆弱性を突いたハッキング被害が年々増加しています。